Cụ thể theo Công văn số 13968/BTC-CST gửi UBND hai thành phố Hà Nội và TP.HCM, Bộ Tài chính khẳng định, để hạn chế sự gia tăng về phương tiện cá nhân, HĐND TP.Hà Nội và TP.HCM có thể quyết định mức thu lệ phí trước bạ tới 15% với ôtô chở người dưới 10 chỗ ngồi (tăng gấp 3 lần so với trước ngày 25/8/2008 - thời điểm Nghị định 80 của Chính phủ có hiệu lực).
Về lệ phí đăng ký, Bộ Tài chính không đồng ý với đề nghị tăng mức lệ phí đăng ký xe máy lên gấp hai lần của UBND TP.HCM (từ 0,5 -2 triệu đồng/lần/xe lên 1 - 4 triệu đồng/lần/xe) và tăng lệ phí ôtô (từ 2 đồng/lần/xe lên 50 triệu đồng/lần/xe). Lệ phí trước bạ tại Hà Nội và TP.HCM sắp tăng lên 15%
Bộ Tài chính cho rằng, với mức tăng cao một vài địa phương như đề nghị nêu trên dẫn đến tình trạng chủ xe đăng ký lưu hành tại các địa phương lân cận (đặc biệt là xe gắn máy) rồi mang xe vào thành phố sử dụng. Như vậy, số lượng xe tham gia giao thông vẫn tăng, việc hạn chế ùn tắc giao thông không có hiệu quả (điều này đã được chứng minh qua chính sách cấm đăng ký xe tại TP Hà Nội và TP.HCM trước đây).
Về phí lưu hành xe hàng năm, Bộ Tài chính cho rằng nếu muốn áp dụng thu khoản phí này nhằm làm giảm ùn tắc giao thông thì cần xây dựng Đề án sửa đổi, bổ sung Nghị định của Chính phủ, đưa thêm khoản phí này vào danh mục phí, lệ phí. Tuy nhiên, việc áp dụng thu phí lưu hành xe là vấn đề lớn, phức tạp, cần phải giải quyết tổng thể các vấn đề liên quan đến các khoản thu khi lưu hành xe. Bộ Tài chính đang nghiên cứu kinh nghiệm của nước ngoài để cân nhắc việc chỉ thu phí khí thải phương tiện hay thu đồng thời cả phí khí thải và phí lưu hành xe.
Theo Bộ Tài chính, nếu chỉ đặt ra khoản thu phí lưu hành xe cho riêng TP.HCM và TP.Hà Nội thì câu hỏi đặt ra là thu như thế nào đối với xe ngoại tỉnh (chiếm 15% phương tiện giao thông hàng ngày trong thành phố); thu theo số lần tham gia hay theo số năm; nếu thu theo số lần thì cần đặt các trạm thu phí (điều này không khả thi vì có thể gây ùn tắc hơn tại các điểm này). Ngay cả khả năng thu hàng năm sẽ phải tổ chức kiểm tra việc nộp phí của chủ xe, dễ gây ùn tắc giao thông và thực tế chưa thực hiện được đối với việc kiểm tra chủ xe có mua bảo hiểm trách nhiệm dân sự như thời gian qua.
Trước đó, UBND TP.HCM đề xuất ban hành lệ phí lưu hành xe hàng năm đối với khu vực TP.HCM với mức thu 500.000 đồng/năm/xe gắn máy; ôtô 7 chỗ trở xuống không hoạt động kinh doanh vận tải hành khách thu 10 triệu đồng/năm.
Về đề nghị nâng mức thu áp dụng đối với việc tạm dừng đỗ ôtô ở lề đường được phép đỗ, với mức 20.000-30.000 đồng/xe/lần tạm dừng hoặc 500.000 đồng/xe/tháng, Bộ Tài chính cho biết đang nghiên cứu, sửa đổi mức thu cho phù hợp với tình hình thực tế tại địa phương. Hiện tại, mức thu áp dụng không quá 5.000 đồng/xe/lần tạm dừng và không quá 100.000 đồng/xe/tháng.
